با وجود شروع بهره‌برداری از آب‌های ژرف در کشور و عزم مسئولان برای گسترش مطالعات و حفر چاه‌های بیشتر, این پروژه هنوز مخالفان و موافقان زیادی دارد و تجربیات استفاده از آن در سایر کشورها نیز با تجربیات تلخ و شیرینی همراه بوده است.
در ایران، طرح مطالعاتی منابع آب‌های ژرف در دو منطقه "هزار مسجد" خراسان و زابل سیستان و بلوچستان و با سرمایه‌گذاری 250 میلیون دلاری در حال انجام است. بحث آب ژرف در ایران، در پی کشف آب در عمق بیش از 500 متر، حین حفاری‌های شرکت ملی فولاد ایران مطرح شد.
حسین مدرس خیابانی, استاندار استان سیستان و بلوچستان, در گفت‌وگو با صدا و سیما, استحصال آب ژرف را یکی از راه‌های نجات این استان از کم‌آبی دانست و گفت: برای رفع مشکل کم‌آبی استان حداقل 100 حلقه چاه آب ژرف باید در سیستان و بلوچستان حفر شود.
صحبت‌های استاندار سیستان و بلوچستان در رابطه با حفر چاه‌های ژرف در حالی مطرح می‌شود که پیش از این دکتر علی سلاجقه, رئیس سازمان محیط زیست, مخالفت خود را با استحصال چاه ژرف به منظور استفاده از شرب, کشاورزی, صنعت و ..., اعلام کرده بود.
سلاجقه گفته بود: اگر هدف از پرداختن به آب‌های ژرف, اکتشافی و آزمایشی باشد مشکلی ندارد اما اصلا نباید وارد بحث استحصال از این منابع شویم.
مخالفت سازمان محیط زیست با استحصال آب ژرف تنها به اعلام مخالفت رئیس سازمان محدود نمی‌شود و مدتی پیش نیز تورج فتحی, معاون دفتر حفاظت و مدیریت زیست محیطی آب و خاک سازمان حفاظت محیط زیست اعلام کرده بود که در بودجه 1401 چند صد میلیارد تومان اعتبار برای حفر چاه‌های جدید پیش‌بینی کرده‌اند. ما پس از بررسی موضوع اعلام کردیم که به هیچ عنوان موافق صرف هزینه بیشتر برای چنین پروژه‌ای نیستیم چون شرایط زمین‌شناسی کشور اجازه وجود منابع آب قابل استفاده در این مناطق را نمی‌دهد.
فتحی دلیل مخالفت با حفر چاه‌های ژرف بیشتر را دبی پایین, دمای بالا, مواد حل شده زیاد در این آب‌ها و رادیواکتیو بودن آب‌های ژرف موجود در ایران بیان کرده بود.
در حال حاضر در استان سیستان و بلوچستان 3 حلقه چاه آب ژرف حفر شده است و با توجه به اینکه حفر هر چاه نیاز به سرمایه 70 میلیارد تومانی دارد, اگر طبق گفته استاندار سیستان و بلوچستان مقرر شود که 100 حلقه چاه ژرف در این استان حفر شود, 697 میلیارد تومان دیگر باید برای حفر چاه‌های ژرف هزینه شود.